由于啤酒是不穩定的膠體溶液，其中的非生物混濁主要由多酚和蛋白質(zhì)形成，其中蛋白質(zhì)和高肽占45%~75%，多酚占20%~30%，此外還有α-葡聚糖和β-葡聚糖、戊聚糖、甘露聚糖以及鐵、錳等金屬離子。為了延緩啤酒混濁的形成，更有效的方法是添加非生物穩定劑。 木瓜蛋白酶的加入會(huì )使酒體高分子氮明顯降低，中小分子氮含量有所增加，隨著(zhù)酶添加量的增加，總酸會(huì )有所升高，泡持力下降。因此，采用蛋白酶作為啤酒穩定劑，在糖化過(guò)程中加木瓜蛋白酶能解決因麥芽溶解不好或輔料量大時(shí)麥汁Q-氨基氮不足的問(wèn)題，在后發(fā)酵或清酒中加入木瓜蛋白酶能防止啤酒混濁沉淀，提高非生物穩定性。但由于啤酒中蛋白質(zhì)含量有限，而酶濃度過(guò)高，易使其與啤酒中的多酚、單寧結合，形成不溶性膠體或沉淀，增加啤酒混濁度。當木瓜蛋白酶濃度為0.08mg/100ml時(shí)，對啤酒澄清效果最佳，并能夠改變各種游離氨基酸含量，除His和Pro以外，所有氨基酸含量均有不同程度增加，較好地改善啤酒營(yíng)養成分。由于啤酒工業(yè)生產(chǎn)中主要副產(chǎn)品啤酒糟蛋白質(zhì)含量較高，因此木瓜蛋白酶還被廣泛地應用于啤酒清潔生產(chǎn)中。